Me están reteniendo cotizaciones y ya no trabajo como independiente a honorarios, sino que trabajo con contrato, por tanto, el empleador efectuará las cotizaciones.

Efectivamente, en caso que ahora se encuentre contratado/a, es el/la empleador/a el/la responsable de hacer las cotizaciones para efectos de Accidentes del Trabajo. Sin embargo, la normativa establece que la retención se efectúa porque no hizo cotizaciones el año 2019, y le da protección a partir de julio de 2020 a junio de 2021, en caso que realice algún trabajo como independiente, fuera de su labor como dependiente bajo contrato.
La normativa no establece excepciones a la retención por esta causa. Lo mismo pasa en caso que haya efectuado cotizaciones durante el año 2019, igual se efectúa la retención.